「Far Cry 3 武器」という検索でこのブログにたどり着く方が多いようなので武器について解説とおいうか紹介しておきます。
まず最初はハンドガンにせよアサルトライフルにせよひとつの武器しか持てません。
持てる数を増やすには動物を狩り、ホルスターを強化していくしかありません。そして、ホルスター以外のものをクラフトするのに結局動物の皮が必要なので、序盤はなにより動物を狩ることにある程度専念しましょう。
そして武器がふたつ以上持てるようになったら武器を購入するか、電波塔を解放することで無料で手に入れられます。ショップで所持と表示されている武器をYボタン（Xbox360時）でスロットに割り当てることができ、そうすれば実際に持っている状態になります。
オススメ武器はひとによってそれぞれ異なると思いますが、とりあえず序盤はアサルトライフルのSTG-90にサイトをつけておくとなんだかんだで便利でしょう。所持できる数が増えたらスナイパーライフルやLMGで武装しておくと後々登場する厄介な敵にも対処しやすくなるはずです。
追記：敵にばれないように進みたいならサウンドサプレッサーを装備可能な武器をチョイスするとよいでしょう。特に遠くから敵を排除するために必須なスナイパーライフルはM-700（値段：1,800）が序盤で唯一サウンドサプレッサーを装着できるので、ストアで購入できるならすぐにでも購入しておくべきでしょう。アサルトライフルは使いづらいかもしれないのでSMGをメインで使用したほうがいいかもしれません。
ステルスなんてやってられない！という方はアサルトライフルやLMG、そして火炎放射器などの重武装で堂々と突撃しましょう。その際は拡張マガジンやレッドドットサイトなどで使いやすくカスタマイズしておくといいでしょう。
参考：
武器 - Far Cry 3 ファークライ3 攻略 Wiki
